Οσοι έχουν ασχοληθεί με την εύρεση της Εικόνας και την ανέγερση του ναού, θεωρούν ότι το πρώτο θαύμα που καταγράφηκε, ήταν το 1823, όταν θεραπεύτηκε από την πανώλη ένα νεαρό παιδί. 

Ωστόσο, ως μοναδικό θαύμα καταγράφεται η ανάβλυση νερού από το πηγάδι που «ούτε δάκρυ νερού δεν έβρισκες» την ώρα της θεμελίωσης του Κάτω Ναού της Ευρέσεως, ο οποίος ονομάστηκε -για τον λόγο αυτό-Ναός της Ζωοδόχου Πηγής.

Ενα θαύμα ανάλογο με αυτό της ανάβλυσης του νερού, που έχει σχέση επίσης με τον ναό είναι και η μεταφορά πορσελάνης για τις ανάγκες της ανέγερσης. Σύμφωνα με μαρτυρίες παλαιότερων, ένα πλοίο μετέφερε θηραϊκή γη (πορσελάνη) κατά την περίοδο όπου έμπαιναν τα θεμέλια του ναού.Τότε ξέσπασε θύελλα, η οποία απειλούσε να καταποντίσει το καράβι.