Κάτω από την επίδραση των προτεσταντικών κυρίως, αλλά και άλλων αιρετικών αντιλήψεων, καθώς επίσης και της έντονης κυριαρχίας της λογοκρατίας, τίθεται συχνά το ερώτημα, εάν ο νηπιοβαπτισμός είναι σύμφωνος με το αποκεκαλυμμένο θέλημα του Θεού.
Πίσω από το ερώτημα αυτό κρύβεται η αμφισβήτηση της πρακτικής στην Ορθόδοξη Εκκλησία να βαπτίζονται τα νέα της μέλη στην νηπιακή ηλικία και η ενθάρρυνση να εγκαταλειφθή η μακραίωνη αυτή εκκλησιαστική παράδοση.
Ως βασικά επιχειρήματα προβάλλονται η θεωρούμενη έλλειψη αγιογραφικών μαρτυριών, η θεωρούμενη διαπίστωση ότι ο νηπιοβαπτισμός ήταν άγνωστος στους αποστολικούς χρόνους και στους επομένους τρεις αιώνες, και, τέλος, η απουσία της ελεύθερης βούλησης στα νήπια.