Ἡ Πελαγία ἦταν κόρη τοῦ παπα-Νικηφόρου Νεγρεπόντη. Ἡ μητέρα
της, ποὺ τὸ ὄνομά της δὲν εἶναι γνωστό, ἦταν ἀπὸ τὸν Τριπόταμο τῆς Τήνου
καὶ ἀνῆκε στὴν οἰκογένεια Φραγκούλη.
Γεννήθηκε τὸ 1752 στὸ χωριὸ Κάμπος τῆς Τήνου καὶ τὸ κοσμικό της
ὄνομα ἦταν Λουκία. Ἀπὸ διάφορα ἔγγραφα φαίνεται ὅτι εἶχε ἀκόμη τρεῖς
ἀδελφές. Ἡ οἰκογένεια τοῦ παπα-Νικηφόρου διακρινόταν γιὰ τὴν ἁπλότητα,
τὴν ἁγνὴ πίστη καὶ τὴν προσήλωση στὰ θρησκευτικὰ ἰδεώδη. Ἦταν μιὰ
οἰκογένεια, ποὺ ζοῦσε κοντὰ στὴ φύση καὶ στὸν Θεὸ μὲ τὶς συμβουλὲς καὶ
μὲ τὸ ἱερὸ παράδειγμα τοῦ ἁπλοῦ καὶ θεοφοβούμενου ἱερέα τῆς κρίσιμης
ἐκείνης γιὰ τὴν Τῆνο καὶ γιὰ τὸ ἔθνος ὁλόκληρο ἐποχῆς.
