Ο άγιος Μάρτυρας του Χριστού Ιλαρίων καταγόταν από το περίφημο νησί της Κρήτης, από το λεγόμενο Κάστρο, δηλαδή το Ηράκλειο. Γονείς του ήταν ο Φραντζέσκος και η Αικατερίνη. Είχε δύο αδελφούς, τον Πολυζώη και τον Γεώργιο, και δύο αδελφές. Από τους γονείς του ανατράφηκε με χρηστά ήθη, και έμαθε αρκετά και τα ιερά γράμματα. Από παιδί ήταν καλόγνωμος. Το όνομά του ήταν Ιωάννης. Ο θείος του, που ήταν γιατρός, πήγε στην Κωνσταντινούπολη και πήρε μαζί του και τον Ιωάννη, που έμεινε κοντά του για πάνω από δέκα χρόνια. Αλλά επειδή ο θείος του ούτε του μάθαινε την ιατρική ούτε του έδινε μισθό, έφυγε και πήγε σε έναν έμπορο από τη Χίο που ονομαζόταν Φραντζέσκος και με τον οποίο συμφώνησε έναν μισθό. Κατά τύχη όμως ο έμπορος έφυγε για τη Χίο και άφησε το μαγαζί του στον Ιωάννη και σε έναν άλλο χριστιανό, χωρίς να γίνει λογαριασμός τής αξίας του εμπορεύματος.
Όταν ο ιδιοκτήτης επέστρεψε από τη Χίο, άρχισε να λέει ότι η αξία του εμπορεύματος που τους άφησε ήταν μεγαλύτερη από το ποσό που του παρέδωσαν και ότι λείπουν τριακόσια γρόσια, τα οποία του τα έκλεψαν και τα θέλει οπωσδήποτε πίσω· ωστόσο δεν υποπτευόταν τόσο τον άλλο χριστιανό, διότι τον είχε στη δουλειά πολλά χρόνια· αντίθετα υποπτευόταν τον Ιωάννη και τον φοβέριζε ότι θα του προξενήσει πολλά δεινά και θα τον βάλει στη φυλακή.
