Κάποια από τα θαύματα του Αγίου, που σήμερα συνεχίζει να θαυματουργεί σε όσους τον επικαλούνται ταπεινά και με πίστη ανυπόκριτη, για να φανεί ότι ο Θεός φανέρωσε τον Άγιο Φανούριο βοηθό και προστάτη του βασανισμένου Γένους των Ελλήνων Ορθοδόξων από τότε μέχρι σήμερα παρατίθενται παρακάτω:
Εκείνη την εποχή η μεγαλόνησος Κρήτη βρισκόταν κάτω από την κυριαρχία των Βενετσιάνων παπικών και δεν επέτρεπαν να υπάρχει Ορθόδοξος Αρχιεπίσκοπος, αλλά μόνο Λατίνος. Και ακόμα όταν πέθαινε κάποιος Μητροπολίτης, δεν επέτρεπαν να εκλεγεί άλλος Αρχιερέας, ώστε οι Ορθόδοξοι να παρασυρθούν με τον καιρό στον Παπισμό και να αλλαξοπιστήσουν. Τα συστήματά τους ήταν πάντοτε πονηρά για να παρασύρουν τους Ορθοδόξους στην αίρεση του Παπισμού. Έτσι όσοι ήθελαν να γίνουν ιερείς, έπρεπε να μεταβούν στα Κύθηρα, για να χειροτονηθούν από Ορθόδοξο Αρχιερέα, αφού δεν υπήρχε στην Κρήτη.