Κατά
την επανάσταση του 1821, ύστερα από παράκληση του λαού της Κρήτης που
μαστιζόταν από την πανώλη, η Αγία Ζώνη μεταφέρθηκε στο νησί. Όταν όμως
ετοιμάστηκαν οι μοναχοί να επιστρέψουν στην Μονή, τους συνέλαβαν οι
Τούρκοι και τους οδήγησαν στην αγχόνη.
Η Αγία Ζώνη εξαγοράσθηκε από τον
πρόξενο της Αγγλίας Δομένικο Σανταντώνιο. Από εκεί μεταφέρθηκε στην
Σαντορίνη, στην νέα κατοικία του προξένου.
Η είδηση μεταδόθηκε σε όλο το
νησί, και μετά από ενημέρωση της Μονής από τον επίσκοπο του νησιού,
στάλθηκε ο προηγούμενος Διονύσιος, το 1831, στην Σαντορίνη.